耳鼻咽喉头颈外科集海峡两岸长庚医院医疗精英组成，已形成耳科、鼻科、咽喉头颈肿瘤等次专科全面发展的优势专科。2009年11月由卫生部确定为中国残联“听力重建、启聪行动”人工耳蜗项目定点手术医院科室（全国仅20家医院获此殊荣）。是福建省残疾人康复协会听力语言康复专业委员会主任委员单位，中国“非公医”协会耳鼻咽喉头颈外科专业委员会副主任委员单位，福建省耳鼻咽喉疑难疾病临床医学研究中心协作单位。目前初步设定床位50张，现有主任医师5人、副主任医师3人、主治医师4人、住院医院4人、专科护理师2人。拥有蔡司900型手术显微镜、德国STORZ鼻内镜及耳内镜手术及检查系统、BrainLab手术导航系统、史赛克及美敦力手术动力系统、美敦力面神经监护仪、奥林帕斯及富士电子鼻咽喉镜、“优听”听力检测平台、ABR、ASSR、OAE等多种临床检查及手术等高尖精诊疗设备。
耳鼻咽喉头颈外科可开展“三甲”医院手术项目。耳科：微创中耳炎人工听小骨听力重建、面瘫面神经减压、面神经移植、迷路径路听神瘤切除、人工耳蜗植入手术15年来完成超过2000例，成功率100%。鼻科：鼻窦炎鼻息肉鼻内镜手术、导航下鼻颅底肿瘤切除、选择性翼管神经阻断手术等，近年来台湾专家特色开展疑难“空鼻症”综合手术治疗。过敏原筛查、鼻激发试验、舌下及皮下脱敏治疗及生物制剂治疗等，为过敏性疾病患者提供全方位治疗方法，个性化制定治疗方案。咽喉头颈科：阻塞性睡眠呼吸障碍成形手术、早期喉癌下咽癌的微创手术、甲状腺肿瘤及头颈部肿瘤切除根治、功能性颈部淋巴结清扫等。耳鼻咽喉头颈外科为高质量服务广大病人提供有力保证。

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