长庚消化内科系与医院同岁，始于2008年，由消化内科门诊、内镜中心、病房组成，下设肝脏科、胃肠科、胆胰科三个次专科组。专科医师共14名，高级职称10名，主治医师4名。
内镜诊疗中心1,850平方米，拥有VIP内镜室、射频消融治疗室、多功能检查室等十余间，拥有先进的奥林巴斯290系列内镜主机5台，高清内镜40支，多数具备放大功能，单气囊小肠镜2支，十二指肠镜1支。设备类有胶囊内视镜系统、高清胆道镜系统、奥林巴斯ME2高阶超声内镜系统、肝脏弹性及脂肪肝检查系统（Fibroscan）、幽门螺旋杆菌检测（碳13检测）、美敦力肝射频消融主机、ERBE电烧机多台。
消化内科系常规开展人工智能消化内镜、ERCP（经内镜下逆行性胆胰管造影术）、ERAT（内镜下阑尾治疗）、PTCD（经皮肝穿胆道引流）、消化道早癌放大内镜检查、小肠镜检查、消化道早癌ESD、消化道支架及球囊扩张治疗、食管胃底静脉曲张套扎及硬化注射治疗、痔疮内镜下治疗、肝癌超声引导下射频消融及酒精注射治疗、肝囊肿抽吸及硬化治疗等技术。目前内镜检查年诊疗量约30,000余人次，治疗量约50,000余人次。

消化内科系常规开展专病门诊、特需门诊、普通门诊及夜间门诊，长庚医院门诊特色为保证每位病人都挂得上号，假日及夜间都能享受高水平的专业医疗，病人从门诊就诊、做检查及看报告均可当日完成，患者就医体验满意，年门诊量约70,000余人次。

病房设有 80张床位，医疗照护团队秉承“专家诊治、专科护理、专业服务”的理念及精神，服务终末期肝硬化、晚期肝癌、胆道疾病、自身免疫性疾病的患者，且具备台湾长庚所有消化内科医疗照护能力，提供台湾长庚各院区消化内科转介服务，同时负责董家鸿院士团队联手打造肝胆胰医学部肝脏内科治疗。科室完备绿色通道诊疗、多学科会诊、疑难重症讨论制度等服务于大众，在2023年出入院为3,000余人次。
在科研方面，承担科技局计划及两岸协作科研项目共10余项，年发表论文5篇以上。具有临床、科研、教学为一体的特色学科。

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