厦门长庚医院呼吸与危重症医学科，传承台湾长庚医院理念，由两岸精英组成，科室医师12人，其中正高职称5名（大陆及台湾专家）、副高职称3名、主治医师3名、住院医师1名，另有护理人员21名、呼吸治疗师20人、NP（Nurse Practitioner）5名。
科室配有最新奥林巴斯（型号：290）电子支气管镜、实时及径向超声支气管镜、奥林巴斯内科胸腔镜、肿瘤微波消融仪、德国ERBE高频电刀仪、冷冻治疗仪、气管硬镜、迈瑞等呼吸机及无创呼吸机、经鼻高流量氧疗仪、肺功能仪器、一氧化氮检查、食管PH值监测等。科室常规开展电子气管镜检查、内科胸腔镜、CT引导肺部穿刺等，在肺部阴影、胸腔积液诊断方面提供强有力支持；开展气道硬镜联合支气管镜检查及治疗气道疾病，包括球囊扩张、气道支架（金属、硅酮支架）置入、气道肿瘤切除、肿瘤微波治疗、肿瘤射频治疗等各种三四及介入手术；常规开展过敏原检查、支气管舒张试验及激发试验、食管PH监测等检查，为慢性咳嗽患者明确病因提供有力保证。
科室分有肺部肿瘤、感染、慢性气道炎症（哮喘及慢阻肺）、呼吸介入、睡眠呼吸障碍、肺康复等亚专业，联合其他相关科室成立过敏疾病免疫治疗中心、肺癌多学科诊疗中心、睡眠中心、咳嗽中心及肺康复团队等。
脱敏治疗中心由呼吸科等多学科共同组成，于2019年与清华大学医学院成立过敏性疾病联合研究中心，联合台湾长庚医院强大的过敏性疾病医师团队，是中国规范化门诊免疫治疗示范门诊单位，常规开展哮喘、过敏性鼻炎、皮炎、过敏性结膜炎等过敏患者进行过敏原检测、脱敏（舌下及皮下）、抗IgE及过敏性疾病生物治疗（包括抗白介素4、抗白介素5）；已举办多期脱敏医护人员培训班。肺癌中心由蔡荧煌院长牵头，联合呼吸科、胸外科、肿瘤科、放疗科、影像科、病理科等组成MDT，对每个新诊断及难治性肺癌进行多学科讨论，制定对患者适合的方案，对于晚期肿瘤，联合合适药物（靶向治疗、免疫治疗等）及局部治疗（放疗或消融等），延长患者生存期。睡眠中心主任陈柠宏教授，担任了亚洲睡眠医学会长、世界睡眠联合会秘书长等职位 ，开展PSG、呼吸机压力滴定等监测，联合口腔、耳鼻咽喉科等开展口腔摄片等检测，可选择手术、呼吸机、佩戴牙套等治疗方法，并提供呼吸机租赁、为患者读取监测数据，调整合适呼吸机参数等服务。肺康复团队由谢孟哲教授带领呼吸科与康复医师、技师、呼吸治疗师等，开展肺康复等运动。

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