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  厦门长庚医院门诊设有内科、外科、内科、妇产科、儿科、口腔科、眼科、耳鼻喉科、放射科、检验科等三十余个临床医疗部门，并提供下列辅助科室：药房、放射、检验、病理等，将重点发展人工电子耳、心脏介入、肿瘤治疗、再植手术等诊疗技术，搭配全套高尖端医疗设备，包括MRI、64排螺旋CT、平板血管造影机（DSA）、大型B超系列、数字元X光摄片（DR）、自动麻醉机、全自动生化分析仪、超声胃镜、碎石机，为诊断治疗的高效、准确提供了可靠的保证。
本院建立了完善的医院管理信息系统（HIS）、影线传输处理系统（PACS），实现门、急、住诊病历电子化。